两者均可用，意思上没什么区别，如果仅从语法上看，还可以填 by。三个介词的区别如下：
1. be covered 后可接介词 by 或 with，区别是：用by表示的往往是一种完全覆盖，而用with 表示的往往是一种不完全覆盖；另外，用by 强调动作，用 with 强调状态：
The house was completely covered by snow. 房子全被雪埋了。
The house was covered with snow. 房子上覆盖了一层雪。
2.be covered 后有时接介词 in，用于描述情景，含有“在……里面”的意味：
Look! Your shoes are covered in mud. 瞧，你的鞋沾满了泥。（强调“沾的泥很多”）